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Pathogènes, zoonoses et épidémies

Macrovision par Béatrice Touaux, le 09 avril 2021

Cette malade de la tuberculose , âgée de 25 ans, est traitée chez elle à Funafuti, l’île principale de Tuvalu dans le Pacifique Sud. La tuberculose reste l’une des dix causes de mortalité dans le monde. Photo © Aurélia Rusek. UNDP Tuvalu.

Voilà un an déjà que nous sommes confrontés à la plus grande pandémie du XXIème siècle. En Europe, ce fléau nous a remis face à une réalité oubliée : celle des épidémies à travers l’histoire. Pire, nous croyions des maladies éradiquées alors que des millions de personnes ailleurs sur la planète se battent encore régulièrement contre elles, dans des conditions sanitaires d’un autre âge. Dans notre périmètre occidental, nous nous sommes crus définitivement à l’abri, mais ce virus nous a fait tomber de notre piédestal d’humains « protégés médicalement ». Ce microorganisme nous a jeté au visage notre finitude, mais il nous a peut-être permis de prendre conscience que nos modes de vie de type homo « economicus » devaient être revus. Pour nous, nos enfants, la biodiversité, il est temps de nous remettre en question pour ne pas perdre ce qui fait de nous une machine merveilleuse et complexe : notre homo « sociabilis ».

Nous vous proposons de remettre un peu d’ordre dans notre compréhension du monde de l’infiniment petit, son impact, sa surveillance et envisager quelques pistes de solutions ou tout du moins de réflexion.

Germes, microorganismes et autres « bestioles »

Sur Terre, dans l’invisible à notre œil nu, grouillent une faune et une flore d’agents microscopiques qui, pour continuer à exister, doivent se reproduire ou se répliquer. Ces agents peuvent être pathogènes ou non. Ceux qui nous intéressent aujourd’hui sont les agents pathogènes, c’est-à-dire dangereux pour la santé végétale, animale et humaine.

  • Les bactéries

La plupart sont des organismes unicellulaires, procaryotes (pas de noyau, le matériel génétique baigne dans la cellule). Elles ont des formes variées, classées en 3 catégories : les coques (cocci) sphériques (streptocoques, staphylocoques), les bâtonnets (bacilles) ou les spirales (vibrions). Elles sont ubiquistes, c’est-à-dire qu’elles se trouvent partout, et peuvent vivre dans des milieux extrêmes (avec ou sans oxygène, à des températures élevées ou très basses, dans des environnements acides ou basiques…). La plupart d’entre elles sont inoffensives, ce sont des bactéries commensales, elles vivent en parfaite harmonie avec leurs hôtes. On les trouve, par exemple, en abondance dans notre flore intestinale.

A côté de ces « gentilles » et nécessaires bactéries, certaines sont extrêmement dangereuses. Pour ne citer que quelques exemples : Clostridium botulinum (responsable du botulisme), Yersinia pestis (responsable de la peste), Treponema pallidum (responsable de la syphilis), Mycobacterium tuberculosis (responsable de la tuberculose), Borrelia burgdorferi (maladie de Lyme), bon nombre de streptocoques et de staphylocoques, les salmonelles…

  • Les parasites

Ce sont des organismes animaux ou végétaux qui ne peuvent se développer qu’aux dépens d’un organisme hôte d’une autre espèce (action spoliatrice). Ces espèces peuvent être animales, végétales et/ou humaines. Les parasites sont classés en 4 grands groupes : les protozoaires (unicellulaires doués de mouvement grâce à des pseudopodes, des flagelles, des cils…). Un exemple trop connu : le paludisme, mais aussi le trypanosome ; les helminthes ou vers (pluricellulaires), ils passent par des formes adulte, larvaire, embryonnaire ou ovulaire comme les oxyures, les douves, la bilharziose ; les arthropodes (insectes, arachnides et crustacés), mollusques, annélides, peuvent se présenter sous forme adulte, œuf, larve et nymphe ; les micromycètes sont des champignons microscopiques sous forme de spores ou de filaments.

Le cycle de vie du parasite peut être direct - en étant immédiatement infestant - ou indirect, le parasite devant passer par un ou plusieurs hôtes pour lui permettre sa transformation en une forme infectante - comme pour le paludisme qui passe par le moustique avant d’arriver à l’homme -.

  • Les virus

Les virus sont des microorganismes de très petites tailles, 20 à 300 nanomètres (10-6 mm), 100 fois plus petits qu’une bactérie, non visibles en microscopie optique. Ils sont constitués d’un génome (l’information génétique) supporté par un ARN simple ou double brin ou un ADN simple ou double brin et d’une capside (boite) constituée par l’assemblage de sous-unités protéiques qui renferment et protègent le génome du virus. Ils peuvent avoir une forme sphérique ou allongée.

Le virus n’a qu’un objectif : se répliquer. Pour cela, il doit « parasiter » un hôte et utiliser son matériel cellulaire. Les virus vont infecter des cellules animales, végétales mais également des bactéries appelés bactériophages. Rien n’est épargné. Concrètement, le virus s’accroche sur la cellule hôte, détruit la membrane cellulaire ou fusionne avec cette membrane. Ainsi l’ADN ou l’ARN viral (le génome) rentre dans la cellule et utilise le matériel sur place (ribosomes, acides aminés…) pour se répliquer. La cellule hôte est soit détruite et les nouveaux virus libérés, soit reste en vie et les virus continuent à se répliquer et sortent par bourgeonnement.

Pendant sa réplication dans une cellule hôte, le génome du virus peut subir des mutations. De ce fait, le virus contenant ce nouveau génome peut devenir inoffensif ou au contraire plus virulent. Pire, ces mutations peuvent modifier le virus qui devient plus adapté aux récepteurs membranaires d’une autre espèce et lui permettre ainsi de passer d’une espèce à une autre.

Modes de transmission  

Maintenant que nous avons défini succinctement chaque type d’organismes pathogènes, voyons comment ces derniers peuvent être transmis.

  • Directement : Par le transfert d’un agent infectieux d’un hôte infecté (animal ou humain) vers un hôte sain. Les portes d’entrée sont nombreuses : par le toucher, les rapports sexuels, la projection directe de gouttelettes lors d’une toux ou d’éternuements, …
  • Indirectement : Par un intermédiaire contaminé qui sert de véhicule comme l’eau, l’air, les aliments, les objets, le sang…

La transmission peut se faire d’une mère à son enfant (comme le VIH), c’est une transmission verticale à distinguer des autres formes de transmission qui sont horizontales

Zoonoses

Pour vivre, se reproduire ou juste se répliquer, les microorganismes contaminent un animal (chauve-souris, poissons, oiseaux, insectes…) qui devient vecteur de l’agent infectieux. Cet hôte pourra à son tour infecter un autre animal (bovins, porcins, ovins, volailles…) par piqûre, morsure, contact avec des produits souillés... Dans ce cas, nous risquons une épizootie (maladie qui touche une ou plusieurs espèces animales). Cette dernière peut avoir des conséquences catastrophiques sur les filières d’élevage. Ce fut le cas pour la grippe aviaire, la fièvre aphteuse, la peste équine, la maladie de la vache folle… Hormis le risque économique lié à la perte des animaux, le plus grand risque est la transmission de l’infection à l’homme par le franchissement de la barrière inter-espèces. C’est ce que l’on appelle une zoonose. Selon le SPF santé publique, sécurité de la chaine alimentaire et environnement : « Une zoonose est une maladie contagieuse qui peut se transmettre de l’animal à l’homme dans des circonstances naturelles. » 

Selon la littérature, 60 à 70% des agents pathogènes humains sont des agents de zoonoses. Pour éviter tout risque d’épidémies humaines, il est donc crucial de surveiller les maladies animales. Pour l’OMS, il existe plus de 200 types connus de zoonoses et elles représentent un pourcentage important des maladies nouvelles chez l’homme.

La surveillance de ces maladies est un enjeu majeur de santé publique humaine et animale.

En 2003, le virus H5N1 de la grippe aviaire fut responsable de la mort de millions d’oiseaux. La peur d’une zoonose s’était abattue sur nos pays mais elle n’a fait que « quelques » morts en Asie et s’est arrêtée là. Malheureusement, les virus ont un fort taux de mutation ce qui peut leur permettre de réaliser le saut d’espèces ou franchissement de la barrière inter-espèces, de le rendre capable de se multiplier dans l’humain, de devenir contagieux et de ce fait, créer une pandémie.

Surveillance épidémiologique

L’homme a toujours vécu avec les virus, les bactéries et les parasites. Selon Emmanuel Drouet, chercheuse à l’Institut de biologie structurale de Grenoble : « La Tuberculose vient des bovins et s’est propagée à l’humain lorsqu’on a commencé à élever du bétail au Néolithique. » On trouve des traces de maladie comme la variole ou la polio sur des momies égyptiennes. Plus tard, des écrits nous relatent des épidémies terribles avec des populations décimées. Pas si loin de nous, en 1918, la grippe espagnole arrivée avec les soldats américains a fait plus de morts que la 1ère guerre mondiale.

Chaque peuple a fait ce qu’il a pu ou fait encore ce qu’il peut avec ces terribles fléaux. Effectivement, le présent est toujours de rigueur pour bon nombre de pays. Dans le cas de la COVID-19, nous savons que les conséquences économiques pour l’Europe et le monde vont être catastrophiques mais savons-nous que le paludisme qui paralyse l’Afrique subsaharienne est un frein à son développement économique ?  Avons-nous idée qu’en Inde ou en Afrique des gens meurent du choléra ? Savons-nous que la lèpre existe encore ? Que la plus vaste pandémie de ces dernières décennies fut provoquée par le virus du Sida (ou HIV) ? Et qu’en Europe, par manque de couverture vaccinale, les cas de rougeole repartent à la hausse ?

Concrètement qu’existe-t-il pour prévenir, étudier et contrôler ces épidémies ?

400 ans avant notre ère, Hippocrate faisait déjà le lien entre la santé, l’environnement et les comportements. La recherche et la surveillance épidémiologiques qui n’ont fait que se développer depuis le XVIIème siècle ont pour but de décrire, alerter, évaluer. Tout ceci nécessite des moyens conséquents.

Depuis quelques dizaines d’années, l’OMS a mis en place le réseau mondial d’alerte et d’action en cas d’épidémie (GOARN) qui contribue à la sécurité sanitaire mondiale :

• En luttant contre la propagation internationale des épidémies

• En veillant à ce que les Etats touchés bénéficient rapidement d’une assistance technique appropriée

• En contribuant à la préparation aux épidémies et au renforcement des capacités à long terme.

Pour cela, elle s’appuie sur toute une série de réseaux mis en place dans tous les pays (en fonction de leurs moyens humain et financier). En Belgique, selon l’AViQ (Agence pour une Vie de Qualité) : « La surveillance des maladies infectieuses consiste, en matière de santé publique, en l’organisation de la collecte systématique, de l’analyse, de l’interprétation et de la diffusion de données concernant des pathologies spécifiques. Ces données sont utiles pour la planification, la mise en œuvre et l’évaluation de programmes de santé… La collecte des données de surveillance est également organisée au travers de différents réseaux coordonnés par l’ISSP (Institut Scientifique de Santé Publique) comme le réseau des laboratoires vigies (77% de labos hospitaliers, 23% de labos privés) sur base volontaire, les médecins vigies qui collectent des données en onction de thématiques variables d’une année à l’autre (grippe, infections respiratoires…), Pedisurv pour les maladies rares de l’enfant (450 pédiatres belges et 350 généralistes bruxellois). Cette veille va permettre de prendre des mesures préventives comme l’isolement des malades, la prophylaxie, la vaccination post-exposition, la mise en place d’enquêtes pour déterminer la source de l’infection, la diffusion d’une information ciblée (école, famille…). »

A l’échelle nationale et internationale, l’accès aux bases de données peut être un problème : il n’est pas harmonisé et a un coût. La confidentialité des données est un autre sujet que nous abordons régulièrement. L’exigence de confidentialité des données médico-administratives est un sujet délicat, certains voudraient y avoir accès plus aisément. Pour Elysee Somassé, dans un article de la Fédération des maisons médicales : « Observer, surveiller, alerter certes mais surtout agir. Les bases de données médico-administratives offrent de nouvelles possibilités d’accès à de larges sources d’informations pour la santé publique à condition qu’on facilite leur accès par des réglementations souples et harmonisées. »  

Une réflexion plus politique devrait se faire sur ce point pour trouver le juste équilibre entre les besoins d’investigation des chercheurs et nos libertés, mais c’est un autre débat.

Facteurs et prévention

Selon le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de l’OMS : « Le risque permanent d’un nouveau virus de la grippe transmis des animaux à l‘Homme potentiellement à l’origine d’une pandémie est réel. La question n’est pas de savoir si une autre pandémie va survenir, mais quand.» L’affaire est entendue, on fera avec. Mais comment limiter l’apparition et la propagation de ces pandémies ?

Beaucoup de maladies sont connues depuis longtemps et de nouvelles apparaissent comme le HIV, le SRAS, le MERS-CoV, ... Les virus mutent, les bactéries deviennent résistantes aux antibiotiques, nous mettant toujours en danger.

Pour les épidémiologistes, différents facteurs favorisent la survenue d’épidémies voire de pandémies :

•             L’accroissement de la population mondiale et sa concentration dans les grandes métropoles avec son lot de nuisibles comme les rats, les oiseaux… qui vivent des déchets laissés par l’activité humaine ;

•             Le manque d’eau potable et évidemment d’hygiène comme l’absence de toilettes (2 milliards et demi d’habitants défèquent en plein air !) ;

•             Les marchés d’animaux et la viande de brousse (ou viande sauvage) ;

•             La déforestation qui, d’une part met l’homme au contact des animaux porteurs de pathogènes et d’autre part, réduit l’habitat voire extermine totalement certaines espèces, « obligeant » les pathogènes à coloniser d’autres hôtes (dont l’homme) ;

  • Les transports de biens et de personnes qui étendent les zones de transmission et raccourcissent les délais ;
  • Le réchauffement climatique qui permet à certaines espèces comme le moustique tigre d’agrandir son « champ d’action » ou encore la fonte du pergélisol (permafrost en anglais) qui, en plus du dégagement important de CO2, pourrait être à l’origine du « réveil » d’un certain nombre et type de virus millénaires ;
  • Les élevages intensifs de poulets, porcs, vaches laitières… ou d’animaux sauvages (extermination récente de millions de visons au Danemark) à l’origine de nombreuses zoonoses.

Cette liste n’est probablement pas exhaustive mais elle peut donner des pistes de réflexion. Personnellement, j’y vois 2 axes contraires et à la fois terriblement dépendants :

•             La précarité qui engendre la concentration dans les grandes métropoles, le manque d’hygiène (eau potable, toilettes), la chasse de gibiers. Souvent lié à la précarité et aux habitudes culturelles, le manque d’éducation rend les personnes ignorantes sur leurs comportements à risques. On peut aussi y ajouter les déplacements de population dus à la pauvreté mais également aux guerres ou au dérèglement climatique.

•             A l’inverse, la surconsommation conduisant au réchauffement climatique, la destruction des habitats sauvages pour y faire de la culture (palmiers à huile, avocatiers ou céréales pour nourrir les animaux) et la concentration d’animaux d’élevage. Les transports de biens et le tourisme de masse ne sont pas non plus sans conséquences.

Avec l’aide d’ONG ou d’institutions comme l’Institut Pasteur, des actions sanitaires sont mises en place dans les pays en voie de développement. Des efforts énormes restent à faire. L’information et l’éducation sont essentielles mais difficiles à mener dans des pays où les personnes survivent plus qu’elles ne vivent. Mais avant de dire aux autres de balayer devant leur porte, il faut aussi balayer devant la nôtre et revoir nos priorités. Nous non plus nous ne sommes pas éduqués car nous ne sommes pas conscients ou préférons ignorer que nos comportements peuvent engendrer des risques. Prendre l’avion pour un week-end, manger de la viande à tous les repas ou consommer des produits du bout du monde qui nécessitent des déforestations massives, tout ceci a aussi un coût en termes sanitaire.

En conclusion

Depuis la nuit des temps, l’espèce humaine a vécu avec des pathogènes, et a fait face à des épidémies extrêmement mortelles ou à des maladies terriblement handicapantes. Même si notre mode de vie occidental nous a offert un confort médical indéniable, nous comprenons que notre modèle économique actuel n’est plus soutenable. Nous sommes arrivés à un point de déséquilibre qui doit nous faire réfléchir sans rejeter systématiquement la faute sur l’autre. Il n’y a pas des bons d’un côté et des mauvais de l’autre et l’équilibre à trouver sera toujours précaire. Mais je suis fatiguée d’entendre « oui mais si nous, on fait quelque chose, les autres ne feront rien, alors à quoi ça sert ? ». Heureusement que certains grands hommes ou femmes ne se sont pas arrêtés à ce principe et ont su faire évoluer les choses. Je pense, par exemple, aux droits de l’Homme qui sont encore bien loin de faire l’unanimité, mais devons-nous baisser les bras pour autant ?

La crise sanitaire actuelle doit nous faire comprendre que tout est lié. Nous devons envisager une alternative plus douce et respectueuse de l’humain, de tous les humains, des animaux et de l’environnement. Trop de scénarios proches de Mad Max, Bienvenue à Gattaca ou Incorporated se profilent pour ne pas réagir. Nous avons des valeurs en tant que citoyens et électeurs que nous laissons souvent de côté quand nous devenons consommateurs. Il ne tient qu’à nous d'être plus cohérents pour limiter dans le futur les situations que nous vivons aujourd’hui.

https://calepin.be/pathogenes-zoonoses-et-epidemies/

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